Perjalanan panjang Pondok Pesantren Modern Diniyyah bermula pada tahun  1928, pondok ini pada awalnya adalah sebuah madrasah yang bernama Madrasah Diniyyah Pasia yang berdiri pada tanggal 11 Oktober 1928 M/25 Rabiul Awal 1347 H. disponsori oleh Haji Muhamad Isa dan dibantu oleh sahabat-sahabat beliau yaitu; H. Sulaiman Dt. Tumanggung, J. Tuanku Tunaro dan Saleh Mangkuto Sutan.

Setelah merosotnya grafik perkembangan Madrasah Diniyyah pada rentang tahun 1978 hingga 1991, lembaga pendidikan ini lalu bertransformasi menjadi sebuah lembaga pendidikan berbentuk pesantren dengan nama Pondok Pesantren Modern Diniyyah.